Nei secoli XV e XVI, grazie ad una relativa stabilità politica e alla pace, i casali fortificati e le torri al centro di vasti poderi divennero il fulcro di una fiorente organizzazione agricola.
I Bentivoglio, nuovi signori di Bologna, costituirono a Bazzano il vicariato ed inviarono nei castelli del Samoggia capitani di loro fiducia. Nel '500 il vicariato venne sostituito dal Capitanato della Montagna, che venne esteso nel 1699 a molti altri comuni delle valli del Lavino e del Samoggia.
L'organizzazione ecclesiastica aveva intanto già disseminato il territorio samoggino di pievi, chiese e cappelle che costellano ancora la valle a dimostrazione di un insediamento capillare. L'organizzazione ecclesiastica influenzò fortemente la formazione dei comuni rurali, spesso con una perfetta identità territoriale tra parrocchie e comunità.
Nei secoli successivi la storia del territorio ebbe un ruolo sempre più marginale. Con l'occupazione francese le parrocchie vennero accorpate in circoscrizioni più ampie, vicine agli odierni comuni: Oliveto e Montebudello, che dal medioevo erano stati comuni autonomi, divennero frazioni di Monteveglio.
L'abitato di Monteveglio si spostò dal vecchio borgo verso valle, presso il Ghiaia dopo l'Unità d'Italia. Il processo fu lento. Alla fine dell'Ottocento troviamo un nucleo di pochi edifici intorno al Molino Torchi, edificato dai canonici di Monteveglio intorno al 500 ed ora situato al centro del paese e trasformato in ristorante.
Solo a partire dal 1936 compare la distinzione tra Monteveglio e Monteveglio alto. La viabilità della zona rimase a lungo piuttosto arretrata: solo con i primi complessi artigianali e industriali degli anni '60 è nata un'ossatura viaria moderna, senza tuttavia cancellare una viabilità secondaria che per lunghi tratti conserva ancora il fascino delle antiche strade collinari.