Negli ambienti rupicoli, oltre a licheni, muschi e piccole crassulente, crescono erbacee dalle belle fioriture come garofano selvatico, saponaria rossa, vedovella dei prati, scilla autunnale e arbusti nani come elicriso, assenzio maschio, eliantemo degli Appennini e altri. È un paesaggio simile a quello della profumata gariga mediterranea, che spesso sfuma in praterie aride dominate dalle graminacee e punteggiate da ginepri, ginestre e olivelli spinosi, dove spiccano rarità floristiche come campanula siberiana, lino delle fate piumoso e diverse orchidee.
I boschi della Riserva sono in prevalenza cedui invecchiati, oggi in abbandono o in via di conversione all'alto fusto, oppure giovani formazioni che si sono sviluppate su terreni non più coltivati. Nei versanti asciutti prevalgono i querceti xerofili, con la roverella accompagnata da orniello, sorbo domestico e dal più raro acero minore; nel sottobosco, tra le graminacee, spiccano belle e rare fioriture di orchidee, dittamo e campanula toscana.
Molto estesi, nei versanti freschi e umidi, sono i boschi mesofili, dove prevale il carpino nero e compaiono cerro, aceri, ciavardello, corniolo, nocciolo e maggiociondolo; nel sottobosco, a fine inverno, fioriscono primula, polmonaria, anemoni e, più di rado, dente di cane, bucaneve e scilla. Nei fondovalle più freschi il microclima favorisce il carpino bianco e la presenza di specie dei boschi montani come faggio, tasso, agrifoglio, borsolo.