Gli ambienti ipogei, caratterizzati da mancanza di luce, forte umidità e temperatura costante, racchiudono interessanti e complessi ecosistemi. L'oscurità impedisce la crescita delle piante: tra gli animali cavernicoli mancano perciò i consumatori primari, mentre abbondano i predatori e quelli che si nutrono di sostanze organiche in decomposizione. Molti abitanti delle grotte presentano adattamenti assai marcati.
Uno dei caratteri più comuni è la riduzione degli occhi, talvolta fino alla totale cecità; è maggiore, invece, lo sviluppo di altri organi sensoriali, come antenne e setole tattili. Un'altra caratteristica è la depigmentazione, cioè la mancanza totale o parziale dei pigmenti: gli animali appaiono spesso di un bianco latteo o di un giallo testaceo. Particolarmente abbondanti sono gli invertebrati, soprattutto crostacei, aracnidi, millepiedi e insetti.
Accanto alle specie strettamente legate agli ambienti ipogei, esistono animali che utilizzano le grotte come semplici ripari, luoghi di sosta e riposo: i più noti sono senza dubbio i chirotteri. Per il letargo invernale, il torpore diurno e la riproduzione, numerose specie di pipistrelli, come il miniottero, alcuni vespertili e i ferro di cavallo, utilizzano pareti e anfratti delle grotte.
Tra le specie più tipiche c'è il ferro di cavallo maggiore, una presenza rara e importante degli inghiottitoi dei gessi bolognesi. Come tutte le specie della sua famiglia (i rinolofidi) possiede un muso di forma piuttosto strana: intorno alle narici si sviluppano infatti complesse escrescenze carnose note come "foglie nasali", utilizzate per meglio diffondere gli ultrasuoni; tutti i pipistrelli europei, dalla vista debole e dalle abitudini notturne, si orientano nello spazio, individuano le prede e gli ostacoli servendosi degli echi degli impulsi ultrasonici emessi. Il ferro di cavallo maggiore vive solitario o in piccoli gruppi.
Nella bella stagione esce dalla grotta a tarda sera e resta a cacciare falene e coleotteri tutta notte, con volo basso, lento e sfarfallante; rientra solo prima dell'alba per cadere subito in uno stato di torpore. A fine autunno inizia l'ibernazione.